烟囱新建工程中可能会遇到的问题有很多，以下是其中一些常见的问题：

1、安全问题：工程涉及到高空作业和风险较大的工作环境，如果安全措施不到位，就会容易发生事故和伤亡。因此，在施工中需要重视安全问题，做好安全培训、防护设施和监管工作，确保工作人员的安全。

2、 材料质量问题：工程中使用的材料质量直接影响到工程质量和使用寿命。因此，施工单位需要选择质量可靠的材料供应商，并严格把关材料的采购和检验，确保材料符合要求。

3、工期延误问题：施工过程中可能面临各种不可抗力的因素，如天气、环保审批等，这可能导致工期延误。因此，施工单位需要合理安排工期，并针对可能影响工期的因素提前采取相应的措施，以减少工期延误的风险。

4、施工质量问题：工程的施工质量直接关系到工程的可靠性和安全性，如果施工质量不达标，可能导致烟囱倒塌或其他安全事故。因此，施工单位需要制定详细的施工方案，并组织专业的施工队伍进行施工，定期进行质量检查和验收，确保施工质量符合要求。

5、环境污染问题：工程涉及到烟气排放和粉尘产生等，如果处理不当，可能对周围的环境造成污染。因此，施工单位需要对烟囱的排放进行合理规划和设计，采用适当的净化设备和控制措施，确保烟气排放符合环保要求。

6、过程管理问题：施工单位需要对工程进行全程的管理和监督，包括进度控制、质量管理、成本控制等。如果管理不当，可能导致工期延误、质量问题和费用超支。因此，施工单位需要建立完善的管理体系和流程，确保工程的顺利进行。

7、设计问题：工程的设计是关键性工作，如果设计不合理或存在缺陷，可能导致烟囱的不稳定或不满足使用要求。因此，施工单位需要确保设计师的专业水平和设计方案的可行性，进行充分的设计论证和评审，以保证设计质量。

8、成本控制问题：工程的成本控制是烟囱新建公司的核心任务之一。如果成本控制不到位，可能导致工程的资金紧张或超支。因此，施工单位需要制定合理的成本预算和控制措施，进行成本核算和监控，及时发现和解决问题。

总之，施工单位工程中可能面临的问题有很多，需要重视和解决。通过合理规划、严格管理和合作沟通，可以降低问题的发生率，保证工程的质量和进展。